总公司交社保分公司发薪可能存在以下法律风险：
1. 劳动争议风险：若员工未书面知情，可能以“社保缴纳主体与用工主体不一致”为由申请劳动仲裁，要求企业补缴社保或支付经济补偿。例如：某分公司员工入职时未签署社保由总公司缴纳的确认书，离职后主张分公司未依法缴纳社保，仲裁委可能支持员工的补缴请求。
2. 行政处罚风险：若社保部门认定企业“故意拆分社保与薪资主体”，可能依据《社会保险法》第八十六条对企业处以欠缴金额1-3倍的罚款。例如：某总公司与分公司无关联协议，却长期由总公司交社保、分公司发薪，社保部门核查后认定其违反缴纳规定，对企业处以2倍欠缴金额的罚款。
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关于总公司交社保分公司发薪是否合法的问题，需结合具体法律关系和员工意愿判断。以下为您分析不同情况的合法性：
总公司交社保分公司发薪在特定条件下合法。
1. 若总公司与分公司属于同一法人实体（分公司无独立法人资格），且员工知情并同意：此时总公司作为劳动合同主体缴纳社保，分公司作为内部机构发薪，未突破劳动关系核心权利，符合法律规定。
2. 若总公司与分公司存在合法关联（如集团内部调配），且有书面协议明确社保缴纳与薪资发放的分工，同时员工书面确认知情：这种情况属于企业内部管理安排，不违反社保缴纳的强制性规定。
3. 若总公司与分公司无关联关系，或员工未知情同意：此种操作可能因“社保缴纳主体与实际用工主体不一致”违反《社会保险法》，属于不合法情形。
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总公司交社保分公司发薪时，需避免以下常见错误操作：
1. 未书面确认员工知情：仅口头告知员工社保与薪资的主体分工，未留存书面确认材料，若员工后续主张不知情，企业可能面临社保补缴或行政处罚风险。
2. 总公司与分公司无合法关联却随意分工：如无集团协议或同一法人证明，强行由总公司交社保、分公司发薪，属于“社保缴纳主体与用工主体脱节”，违反《社会保险法》的强制性规定。
3. 未同步更新劳动合同：劳动合同中未明确社保缴纳主体为总公司、薪资发放主体为分公司，导致合同约定与实际操作不一致，易引发劳动争议。
若您已出现类似错误操作，建议及时向专业律师咨询，避免法律风险扩大。
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总公司交社保分公司发薪的处理中，存在以下特殊情况或例外情形：
1. 分公司未依法注册：若分公司未取得营业执照或登记证书，不具备独立发薪的主体资格，此时由分公司发薪可能被认定为“非法用工”，导致社保缴纳与薪资发放均不合法，需由总公司统一承担社保和发薪义务。
2. 劳务派遣或外包情形：若员工实际为劳务派遣公司派遣至分公司工作，总公司仅代交社保，分公司发薪，但未与劳务派遣公司签订协议，可能因“劳务派遣关系不明确”引发法律纠纷，需重新明确用工主体与社保责任。
3. 跨地区社保缴纳：若总公司与分公司不在同一统筹地区，总公司交社保可能导致员工无法享受分公司所在地的社保待遇（如医疗报销），需提前与员工协商并确认社保缴纳地的合理性，避免影响员工权益。

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